Vrstvy vápnitých pěnovců, vynášené prameny od čtvrtohor z hlubších vápenitých a písčitých usazenin, zde dokládají změny podnebí během nejmladších geologických období. Hlubší pohled do minulosti poskytují odkryté stěny opuštěných vápencových lomů s doklady podmořského života i starší vulkanické činnosti.
Stopy mořské fauny ukazují písčité sedimenty odkryté v lomu Na Stydkých vodách, pod bývalým lomem Alkazar u Svatého Jana pod Skalou je ohraničené vulkanické centrum. Co se dělo před 400 milióny lety, odhaluje devonský profil odkrytý v údolí Budňanského potoka mezi Karlštejnem a Dubem sedmi bratří.
Z našich čtvrtohorních časů pochází jak terasovité stupně dávného koryta řeky Berounky, která se postupně prořezávala krasovou pahorkatinou, tak úrodné sprašové návěje ledových dob.
Členité území protkané sítí krasových jeskyní obývali lidé od pradávna. V Šanově koutě u Hostimi bylo nalezeno paleolitické tábořiště se stopami po obydlí staré 12 500 let. Po této kultuře nám zbyly rytiny v břidlicích, nejznámější je rytina koně.
Neolitická, osm tisíc let stará kultura, je známa z jeskynního areálu Na Bříči v okolí Srbska. Nálezy pochází z jeskyní Jezerní, Galerie, Hlohová, Nad Úzkou, Nad Galerií, Myší díry, Nová neboli Hájkova a Barrandova. V celé oblasti archeologové objevili zbytky lineární nebo vypichované keramiky.
Jeskyně Na Průchodě mezi Hostimí a Svatým Janem pod Skalou postupně vydala doklady kultur eneolitu, pozdní doby bronzové, haštalské i středověké. Kromě dolního vstupu ve výšce 261 metrů nad mořem se otevírá k povrchu třemi samostatnými otvory.
Zajímavá jsou i mladší hradiště z 9. a 10. století, například Kozel nad soutokem Berounky a potoka Loděnice, dále pak hradiště U Kříže a Nad Klášterem.
Kolem archeologických lokalit i přírodních zajímavostí návštěvníky provádí síť naučných stezek a turistických cest. Dobrou volbou je třeba červeně značená trasa od hradu Karlštejna k Dubu sedmi bratří, ke Králově studni a k Bubovickým vodopádům. Dále pokračuje za vrch Doutnáč ke Sv. Janu pod Skalou s klášterem a barokním kostelem.
Naučné stezky Svatojánský okruh a Karlštejn tvoří dva samostatné okruhy propojené kromě červené ještě zelenou a modrou turistickou cestou. Komu to nestačí, může použít několik neznačených cest a tuto největší rezervaci v CHKO Český kras propátrat s mapou v ruce. V tom případě však buďte opatrní. Pokud zabloudíte, mohou některé zdánlivě neporušené lesy končit strmou stěnou aktivního nebo opuštěného vápencového lomu.
Národní přírodní rezervace Karlštejn byla v CHKO Český kras zřízena 26. dubna 1955. Převážně lesnaté území o rozloze 1547 ha leží na sever od Berounky. Je součástí Evropsky významné lokality Karlštejn – Koda.
Flóra
Potoční údolí rezervace obsadily lužní lesy; vlhčí stinné, severní a suťové svahy patří smíšeným lesům s převahou buků. Jižní svahy porostly hlavně duby pýřité s teplomilnými bylinami v podrostu.
Nejčastěji se zde setkáte s dubohabrovými a bukovými lesy rozloženými podle intenzity slunečních paprsků a podle dostupnosti vláhy. Skalní výchozy, jižní a západní svahy obsadila teplomilná společenstva rostlin a živočichů kostřavových a pěchavových trávníků.
V sušších doubravách roste kriticky ohrožený hrachor panonský chlumní s krásnými bílými květy. Světlejší doubravy a stepní stráně pokrývají zjara trsy velkých žlutých květů prudce jedovatého hlaváčku jarního. Patří ke vzácnému druhu pryskyřníkovitých, je chráněný mezinárodní Washingtonskou úmluvou (CITES). Ze zajímavých dřevin se zde např. vyvinula endemická forma jeřábu, jeřáb krasový.
Půdy na vápencovém podkladě rezervace využívají divoce rostoucí odrůdy orchidejí. Nejnápadnější jsou vstavač nachový a okrotice bílá. Z rodu zvonkovitých rostlin zdejší dubohabřiny obývá pomalu mizející zvonovec liliolistý. U nás je velmi vzácný, roste jen na pěti lokalitách.
Kromě vyšších rostlin se tu daří vápnomilným mechům a teplomilným houbám, třeba hřibu královskému.
Fauna
Jinde v Čechách vzácní teplomilní pavouci, brouci nebo motýli tu našli vhodné podmínky k přežití po ochlazení klimatu na konci středověku. Ještě kolem roku 1000 totiž u nás panovaly o dva až tři stupně vyšší roční průměrné teploty než dnes.
Například na Komárkově lesostepi žijí vzácní teplomilní pavouci sklípkánci. Protože si své obytné lapací trubice staví pod kameny, větvemi i listím, jsou poměrně nenápadní. K pozorování je vhodnější stepník rudý, poznatelný je podle rudého zadečku v podobě knoflíku se čtyřmi tmavými dírkami. Dále tu žijí slíďáci, nápadně chlupatý druh běžníka a velmi pohybliví lovci skákavky.
Nejsevernější hranici výskytu v Evropě má v rezervaci známý lovec mravenců mravkolev, druhů střevlíků tu bylo spočítáno kolem 200. Největším zde žijícím broukem je roháč obecný, který obývá podobné prostředí jako jeho menší černý příbuzný, roháček kozlík.
V ulitách po plžích páskovkách a suchomilkách si staví hnízda vzácná včela samotářka Hoplitis rufohirta.
Z nápadných denních motýlů tu žijí babočkovití batolci duhoví a červení. Pak bělopásek dvouřadý i topolový, který před nektarem dává přednost sání živin z trusu a mršin, a třeba otakárek fenyklový, žluťásek jižní a další motýli preferující spíše tradiční stravu.
Z ptáků se na stepích podél Berounky vyskytuje pěnice vlašská, na Loděnickém potoce našel vhodné břehy ledňáček říční.
Savci v podobě netopýrů osídlili zdejší štoly a jeskyně, které jsou významnými zimovišti mnoha druhů, např. netopýra černého a velkého. Setkat se můžete také s letounem vrápencem malým.
| Název správy | Správa CHKO Český kras |
| Adresa | Karlštejn č. p. 85 |
| Město | Karlštejn |
| PSČ | 267 18 |
| Datum vyhlášení | 26. dubna 1955 |
| Rozloha území | 1 547 ha |
