Základ rezervace tvoří dva ledovcové kary, ve kterých se nachází přirozená jezera hrazená čelními morénami. Na severovýchodním svahu Jezerní hory leží kar Černého jezera, které je se svou rozlohou 18,43 hektarů největším jezerem české Šumavy. V jihovýchodním svahu se nachází menší kar Čertova jezera s vodní plochou o rozloze 10,33 hektarů. Černé jezero patří do povodí Labe a Čertovo do povodí Dunaje.
Veřejnost se k jezerům v této přírodní rezervaci může dostat po vyznačených turistických stezkách. Do jezer se ale vstupovat nesmí, není ani možné provádět destruktivní výzkum jezerního dna, a to především z důvodu zachování neporušených jezerních sedimentů a populace šídlatky jezerní.
Zajímavostí je, že jezerní stěny Černého i Čertova jezera jsou jediným místem na Šumavě, kde vznikají laviny.
Národní přírodní rezervace Černé a Čertovo jezero funguje od roku 1992, kdy vznikla z původní rezervace z roku 1911. Tato rezervace byla založena k ochraně osmi šumavských jezer.
Flóra
V Černém jezeře roste jako na jediném místě v ČR v unikátním submerzním společenstvu svazu Isoëtion lacustris v hloubce 2,5 až 6 metrů populace šídlatky jezerní. Další rostlinou, které se na dně jezera daří, je rašeliník Sphagnum lescurii. V jezeře a jeho jezerní stěně bylo nalezeno 205 druhů sinic a řas. Nejvíce rozšířeným druhem planktonu jsou v obou jezerech obrněnky a zlativka.
V celé národní přírodní rezervaci, a především pak v jezerních karech, rostou významné druhy hub, jako je chráněná bolinka černohnědá či vzácný choroš ohňovec, ohraničený na starých padlých kmenech smrků.
Fauna
Místní fauna nepatří k těm nejbohatším, ale zmínit můžeme například vzácného arkto-alpínského severského pavouka slíďáka Acantholycosa norvegica, který žije v biotopu periglaciálních kamenných sutí na Jezerní hoře. V okolí vrcholu Jezerní hory se daří střevlíkům Calathus micropterus, Carabus linnei, Trechus alpicola a Amara erratica, nosatcům Barypeithes araneiformis či mrchožroutům Aclypea souveriei a Pteroloma forsstroemi. U Černého jezera můžete vidět například i mnohonožku Haasea pinivaga a žížalu Dendrobaena vejdovskyi.
Z obratlovců se tu vyskytuje tetřev hlušec, datlík tříprstý, kos horský a krkavec velký. Pravidelně se tu objevuje i rys ostrovid.
| Název správy | Správa Národního parku a chráněné krajinné oblasti Šumava |
| Adresa | 1. máje 260 |
| Město | Vimperk |
| PSČ | 385 01 |
| Datum vyhlášení | 31. prosince 1933 |
| Rozloha území | 208,46 ha |
