Přírodní poměry se liší podle nadmořské výšky. Kvůli velkému výškovému rozdílu od 878 do 1362 metrů nad mořem tvoří rezervaci o ploše 677 hektarů tři odlišná vegetační pásma. Nejníže rostou květnaté bučiny, nad nimi kyselé horské smrkové bučiny s odlišným podrostem a nejvyšší patra obsadily chladnomilné horské smrčiny. Orkán Kyrill z 18. ledna 2007 řadu porostů hlavně na hřebeni dramaticky změnil. Obnovu biologové zvědavě pozorují.
Kromě výhledu na alpské vrcholky získají návštěvníci celkový přehled o pralesu z 21metrové rozhledny na vrcholku Boubína. Struktura korun stromů v obdélníkovém jádru rezervace se výrazně liší od okolních člověkem pozměněných horských smrčin.
Jádro pralesa o ploše 47 hektarů bylo v 60. letech 20. století oploceno, dovnitř se nesmí. Přemnožená vysoká zvěř spásala mladé stromky ve vývratových světlinách a bránila přirozené obnově a stále četnější turisté sešlapávali půdu a obnažovali kořeny starých stromů. Kolem plotu vede sedmikilometrová naučná stezka.
V okolí jsou však rozptýlené dostupnější zbytky pralesovitých porostů, ve kterých se do výšky 1200 metrů zvolna prosazují buky. Na severovýchodním svahu Boubína pak leží pralesovitý zbytek chladnomilných smrčin starých až 250 let. Východně od rezervace leží ještě mladší Milešický prales a jihozápadně od rezervace se nachází přírodní památka Jilmová skála s přirozeným lesním porostem.
Boubínské jezírko u spodní hranice pralesa bylo postaveno roku 1836 a do roku 1957 sloužilo jako zásobárna vody pro kanál na plavení dřeva do lenorské sklárny. Na břehu u hráze je několik laviček, stolů a přístřešek, v průzračné vodě jezírka se prohánějí pstruzi. Vede odtud několik cest s větším převýšením do Kubovy Hutě, střediska letní a zimní rekreace. Cyklotrasy procházejí severozápadní částí území a poznáte je podle symbolu cyklisty na dřevěných směrovkách.
Kubova Huť je v 995 m zároveň nejvýše položenou železniční stanicí v Čechách. Každodenní spojení se zastávkou Zátoň blíže k pralesu je pravidelné, s turistickým ruchem se tu evidentně počítá.
Lesní komplex na vrcholu Boubína a svazích kopce Pažení leží severně od obce Zátoň. Je bezzásahovou rezervací z rozhodnutí vlastníka Jana Adolfa Schwarzenberga od roku 1858. K ochraně zbytku pralesa na ploše 144 ha ho přemluvil lesmistr John. Větrná a následná kůrovcová kalamita však bezzásahové území zmenšila na 47 hektarů.
Roku 1933 se Boubínský prales stal státní rezervací a dnes i s ochranným pásmem má rozlohu přes 677 ha.
Flóra
V pralese za plotem stejně jako v dalších našich rezervacích postupně ubývají jedle a jsou nahrazovány bukem. Dominantní, i když také ustupující, je stále smrk, roste na 50 % území, les s převahou buku tvoří třetinu. Mimo bukové nárosty se jedle se smrkem úspěšně zmlazují společně s doprovodnými dřevinami.
Nejmohutnější jsou tu jedle a smrky staré 400 až 500 let s průměrem kmenů přes 160 cm a vysoké přes 50 metrů. Největší smrk stál do prosince 1970 uprostřed pralesa v nadmořské výšce 1000 metrů. Než padl při vichřici, měl 57,6 m výšky a byl starší než 440 let.
Do lesního prostředí, které je dlouhodobě bez zásahů člověka, se vrátila orchidej sklenobýl bezlistý a po desítkách let i orchidej korálice troklanná. Objevila se i v ČR vyhynulá kapradina kyselých půd vratička mnohoklanná.
Fauna
Dutiny starých stromů oceňují ptáci žluna šedá, datel černý, strakapoud velký i bělohřbetý a holub doupňák. Doma je tu také rys ostrovid.
| Název správy | Správa Národního parku a chráněné krajinné oblasti Šumava |
| Adresa | 1.máje 260 |
| Město | Vimperk |
| PSČ | 385 01 |
| Datum vyhlášení | 31. prosince 1933 |
| Rozloha území | 685,87 ha |
